Công văn số 2063/TCT-CS về nội dung quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và kế toán thuế

Kính gửi: Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

Căn cứ Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật xử phạt vi phạm hành chính và các văn bản hướng dẫn thi hành, ngày 15/5/2015 Tổng cục Thuế đã có Quyết định số 879/QĐ-TCT ban hành Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và kế toán thuế thay thế Quyết định số 1864/QĐ-TCT ngày 21/12/2011 của Tổng cục Thuế ban hành kèm theo Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và kế toán thuế. Tổng cục Thuế giới thiệu các nội dung mới của Quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và kế toán thuế như sau:

1. Sửa đổi, bổ sung nội dung quản lý nghĩa vụ kê khai đối với người nộp thuế mới thành lập như sau:

“1. 1.1. Đối với NNT được cấp MST/MSDN mới

Bộ phận KK&KTT căn cứ thông tin về NNT được cấp MST/MSDN mới trên hệ thống đăng ký thuế để thực hiện:

– Rà soát các thông tin liên quan đến nghĩa vụ khai thuế của NNT, bao gồm:sắc thuế phương pháp tính thuế, mẫu HSKT, kỳ tính thuế và ngày bắt đầu phải nộp HSKT của từng NNT để cập nhật Danh sách theo dõi NNT phải nộp hồ sơ khai thuế.

– Trường hợp chưa đủ thông tin để xác định chính xác các HSKT phải nộp của NNT: liên hệ với NNT qua điện thoại; nếu không liên hệ được với NNT qua điện thoại lập Thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (theo mẫu 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính) gửi NNT; sau khi nhận được giải trình, bổ sung thông tin của NNT, Bộ phận KK&KTT xác định các HSKT phải nộp của NNT để cập nhật Danh sách theo dõi NNT phải nộp hồ sơ khai thuế.

Lưu ý một số thông tin rà soát liên quan đến nghĩa vụ khai thuế của NNT.

a) Về phương pháp tính thuế GTGT.

– Trường hợp NNT mới thành lập thuộc diện đang ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, Bộ phận đăng ký thuế căn cứ Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT (theo mẫu 06/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/ TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính) cập nhật phương pháp tính thuế GTGT theo đăng ký của NNT, đồng thời thông báo cho Bộ phận KK&KTT cập nhật thông tin vào Danh sách theo dõi NNT phải nộp hồ sơ khai thuế.

– Trường hợp NNT gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT, Bộ phận KK&KTT rà soát các quy đinh hiện hành, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo của NNT phải gửi Thông báo về việc chấp thuận hay không chấp thuận phưongpháp tính thuế theo đề nghị của NNT (theo mẫu số 10a/QTr-KK của Quy trình này). Bộ phận KK&KTT thông báo cho bộ phận đăng ký thuế được biết để cập nhật thông tin đăng ký thuế của NNT, đồng thời cập nhật thông tin vào Danh sách theo dõi NNT phải nộp hồ sơ khai thuế.

b) Về kỳ kê khai thuế GTGT

NNT mới thành lập thuộc đối tượng khai thuế GTGT theo quý. Trường hợp NNT muốn chuyển sang khai thuế GTGT theo tháng thì gửi Thông báo chuyển đổi kỳ khai thuế GTGT từ Quý sang Tháng (theo mẫu 07/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 151/2014/BTC-TCT ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) cho cơ quan thuế. Bộ phận KK&KTT thực hiện cập nhật thay đổi về kỳ kê khai của NNT vào Danh sách theo dõi NNT phải nộp hồ sơ khai thuế. “

Quyết định số 1864/QĐ-TCT không hướng dẫn cụ thể việc xác định phương pháp tính thuế GTGT và kỳ kê khai thuế GTGT đối với người nộp thuế mới thành lập.

2. Sửa đổi, bổ sung nội dung quản lý nghĩa vụ kê khai đối với người nộp thuế tạm ngừng kinh doanh có thời hạn như sau:

” 1.1.5. Đối với NNT tạm ngừng kinh doanh có thời hạn

Bộ phận KK&KTT căn cứ thông báo tạm ngừng kinh doanh của NNT hoặc của cơ quan đăng ký kinh doanh đối với NNT thực hiện thủ tục đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh, cập nhật thời gian tạm ngừng kinh doanh vào Danh sách theo dõi NNT phải nộp hồ sơ khai thuế để tạm dừng việc theo dõi, đôn đốc NNT nộp HSKT, hết thời gian tạm ngừng kinh doanh, Bộ phận KK&KTT thực hiện khôi phục Danh sách theo dõi NNT phải nộp hồ sơ khai thuế để tiếp tục việc theo dõi, đôn đốc NNT nộp HSKT. “

Quyết định số 18641/QĐ-TCT không hướng dẫn xử lý nghĩa vụ kê khai đối với người nộp thuế tạm ngừng kinh doanh thực hiện thủ tục đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh

3. Sửa đổi nội dung xử lý hồ sơ khai thuế điều chỉnh, bổ sung của người nộp thuế như sau:

“2. 4. 3. Xử lý hồ sơ thế điều chỉnh, bổ sung của NNT
…

b) Xử lý hồ sơ khai thuế điều chỉnh, bổ sung của NNT

Căn cứ thông tin về phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT của cơ quan thuế và cơ quan có thẩm quyền có trên ứng dụng hoặc thông tin nhận được từ các bộ phận liên quan, Bộ phận KK&KTT thực hiện kiểm tra, phân loại và xử lý HSKT điều chỉnh bổ sung của NNT như sau:

– Đối với hồ sơ khai điều chỉnh, bổ sung mà cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyển đã công bố Quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

+ Trường hợp NNT khai điều chỉnh, bổ sung HSKT nhưng không liên quan đến thời kỳ, phạm vi thanh tra, thể tim tra hoặc có liên quan đến thời kỳ thanh tra, kiểm tra nhưng không thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra thì xử lý như đối với hồ sơ khai điều
chỉnh, bổ sung mà cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền chưa công bố Quyết định
thanh tra, kiểm tra thuê.

+ Trường hợp NNT khai điều chỉnh, bổ sung HSKT có liên quan đến thời kỳ, phạm vi thanh tra, kiểm tra (trừ trường hợp hồ sơ khai điều chỉnh, bổ sung dẫn đến làm tăng số thuế phải nộp; giảm số thuế đã được hoàn, được khấu trừ hoặc nộp thừa) thì lập Thông báo không chấp nhận hồ sơ khai thuế điều chỉnh, bổ sung của NNT (Mẫu số 14/QTr- KK), gửi NNT hoặc đại lý thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nhận được hồ sơ khai điều chỉnh, bổ sung của NNT Trường hợp các hồ sơ khai điều chỉnh, bổ sung này đã được Bộ phận “một cửa ” hoặc Bộ phận hành chính văn thư quét vào ứng dụng quản lý thuế, thì ngay sau khi lập Thông báo không chấp nhận hồ sơ khai thuế điều chỉnh, bổ sung của NNT, Bộ phận KK&KTT thực hiện hủy dữ liệu của tờ khai đã được nhận vào hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Quyết định số 1864/QĐ-TCT hướng dẫn xử lý hồ sơ khai thuế điều chỉnh bổ sung chỉ căn cứ thời điểm công bố Quyết định thanh tra, kiểm tra; không căn cứ vào phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.